「生」と「死」のオミックス：クマムシ乾眠機構の解析
クマムシ
Apotardigradaに関するクマムシの分類学を再分析 – BUSCOデータセットから選択した複数遺伝子系統樹の作成および系統分類の証明（紹介記事へ）
クマムシが住むコケの中のミクロな世界を覗きみる – メタバーコーディングで真核生物と細菌のコミュニティを網羅的に解析（紹介記事へ）
クマムシの乾眠誘導を制御するメカニズム – 大規模リン酸化プロテオーム解析によってAMPKの関与が明らかに（紹介記事へ）
山形県鶴岡市で極限環境耐性を持つクマムシの新種を発見 – 採取場所の庄内にちなんで〝ショウナイチョウメイムシ〟と命名（紹介記事へ）
クマムシ乾眠能力の違いのメカニズムは、その準備段階にあり！ – 2種のゲノムと遺伝子発現を網羅的に解析し、極限環境耐性と進化の関係に新発見（紹介記事へ）
微小生物の単一個体由来の超微量DNAによる全ゲノム解析手法を確立 – クマムシの進化をめぐる議論にも大きな進展（紹介記事へ）
クモ糸など超高機能構造タンパク質による素材産業革命
黄金色のクモ糸色素成分明らかに- 高分解能質量分析法でジョロウグモ（Trichonephila clavata）の黄金色糸色素はキサントレン酸であることを発見（紹介記事へ）
ハダニ（ハダニ目：ハダニ科）の糸遺伝子の特徴を明らかに- 高感度なプロテオミクス解析による糸遺伝子の解明（紹介記事へ）
オオミノガのゲノム解明 –ミノムシが魅せる糸の強さに関する遺伝子配列の特性を発見（紹介記事へ）
クモの捕食戦略の進化を解明 – ウズグモの糸遺伝子カタログからみる篩板糸遺伝子の系統進化（紹介記事へ）
フィールドの生物を対象としたトランスクリプトーム解析のフィージビリティスタディ – 高い再現性を保つ条件を、解析の全工程において検討（紹介記事へ）
Untangling the Spider Silk Genes using Nanopore Long Reads（YouTube動画へ）
強いクモ糸の人工合成を叶えるには何が必要か？ – ヒトゲノムと同サイズのクモゲノムを解析することで見えた新たな因子（紹介記事へ）
生命情報科学のためのソフトウェア開発
バイオインフォマティクスソフトウェア
G-Links：生物学のビッグデータの「収集・統合・抽出」を支援する新システム – 分散して存在するさまざまな生物学情報を、より効率よく利用することが可能に（紹介記事へ）
バイオインフォマティクス統合解析プラットフォームEMBOSSとG-languageの融合 – IAB発ゲノム解析サービスと外部ソフトウェア間の連携を強化（紹介記事へ）
バイオインフォマティクスにおけるWebサービスアクセスのためのEMBOSSパッケージ – 既存の解析環境にWebサービスを安定的に連携させる新規ツール「KBWS」の開発（紹介記事へ）
ゲノム解析統合環境 G-language Systemのウェブサービス – World Wide Webの仕組みを使うことで，ブラウザさえあれば誰でも簡単にゲノム解析が可能に（紹介記事へ）
Restauro-G：ゲノム再アノテーションソフトウェアの開発 –メタゲノム時代を支援する高速再アノテーションソフトウェアで、比較ゲノム解析前にアノテーションの統一を(紹介記事へ)
SPLITSによるtRNAの網羅的予測と機能解明 – tRNAを網羅的に予測するソフトウェアSPLITSの開発、そして未知のtRNA発見へ（紹介記事へ）
オミクスデータ可視化ツール
KEGG Atlasをベースとした多機能ウェブブラウザ「Pathway Projector」の開発 自由に実験データを可視化することができる操作性にすぐれたツールの実現（紹介記事へ）
Chaos Game Representationによるゲノムのフラクタル解析 複雑系カオス理論を応用した新規ゲノム可視化手法を開発（紹介記事へ）
Genome Projector: Googleマップで直感的にゲノム情報をブラウジング 最新のインターネットアプリケーション開発技術を駆使して、広大なゲノム情報の世界を探索可能に（紹介記事へ）
MEGU: 統合パスウェイマップへの複合データ可視化システムの開発 ゲノム、メタボローム、プロテオームなどの大量データ解析の為のパスウェイ可視化webサービスを公開(紹介記事へ)
Visualizing Complex Omics Information Scientific Visualisation for Genomics and Systems Biology（紹介総説・英文）上記論文の日本語版
ゲノム情報に基づいたシステム生物学
細胞シミュレーション
ショウジョウバエ概日振動ネットワークモデルの比較解析 体内時計は精巧な転写フィードバック制御で安定したリズムを刻む（紹介記事へ）
オミクス・メタボロミクス
大腸菌の細胞内における代謝のふるまいを史上最大規模で分析 代謝物質、タンパク質、RNAを網羅的かつ定量的に計測、生命の強さの秘密が明らかに（紹介記事へ）
Systematic Integration of “Omics” Information with Knowledge in Molecular Biology（紹介総説・英文）上記論文の日本語版
複製するメディアとしてのバクテリアゲノム構造の秩序
バクテリアゲノム構造
複製プロセスがバクテリアのゲノム構造を決定していることを証明 時間の早送りによってゲノム上で塩基組成の偏りが発生するメカニズムを明らかに（紹介記事へ）
細胞内のゲノム挙動情報を活用したコンティグ再配置アルゴリズムを開発 ドラフトゲノムからゲノム構造の推定が可能に（紹介記事へ）
バクテリアの増殖効率とゲノム対称性の関係性を解明 複製挙動を人工的に対称化させることに成功（紹介記事へ）
ゲノム変異シミュレーションによるバクテリア複製終結機構の解明 コンピュータシミュレーションが解き明かすバクテリアゲノム進化の軌跡（紹介記事へ）
環状バクテリアゲノムにおける複製終結点の網羅的予測 DNAの複製終結とdif配列の関係性を解き明かす手がかりに（紹介記事へ）
一般化GC非対称性指数による複製関連の変異・選択圧の定量化 ゲノムの配列からその複製メカニズムを推定できる画期的新手法（紹介記事へ）
バクテリアゲノムにおける高精度な複製開始・終結点予測法を開発 テレビやラジオなどのデジタル信号処理で使われるノイズ除去フィルタをゲノム解析に応用（紹介記事へ）
バクテリアゲノムの複製による選択度合いを定量化 複製するメディアとして最適化されたゲノムのデザインパターンを探る（紹介記事へ）
その他非モデル生物の解析
その他
大学院の実習授業「ゲノム工学実習」から5本の国際論文が掲載される 有用微生物5種のコンプリートゲノムを新規に解析（紹介記事へ）
絶滅危惧種「ケンランアリスアブ」の生態にあらたな発見 幼虫をアリ巣中で発見、初の記録に成功（紹介記事へ）
新規紫外線耐性菌株Arthrobacter sp. MN05-02のゲノム配列を決定 特徴的な色素産生遺伝子のパスウェイを明らかに（紹介記事へ)