生命情報科学

生物学はデータサイエンスに変貌しつつあります。本研究グループでは、網羅的かつ定量的な生物データを主軸に置き、実験・解析・モデリングまでを一気通貫で行うことで、さまざまな生命現象を解明すべく研究を進めています。
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クマムシから見る「生命」

「地球最強の生物」として名高いクマムシですが、その秘密は乾燥によって生命活動を完全に停止し、吸水によってまた復活できる「乾眠」という機構です。死なずに生命活動を止められるこの不思議な機構から、生命とは何か、を紐解きます。

 

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バイオインフォマティクス

膨大なゲノム情報を解析し、シミュレーションへと繋ぐためには、さまざまなアルゴリズムやソフトウェア工学、そして革新的な可視化技術を組み合わせた手法が不可欠です。当研究室では多くの研究に必要なソフトウェアを自前で開発・公開しています。
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クモ糸のデザイン原理

クモ糸は強靭さと伸縮性を兼ね揃えた夢の超高機能素材です。我々はImPACTプログラム「超高機能構造タンパク質による産業素材革命」の参加組織として、世界中のクモのde novo Transcriptomeシーケンシングによって、この超高機能素材のデザイン原理を明らかにしようとしています。
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私たちの研究室では、マルチオミクス解析とバイオインフォマティクスを駆使することで、面白い生命現象のメカニズムやデザイン原理を理解することを目的としています。例えば、生物と無生物の間を行き来できる最強生物クマムシや、夢の素材クモ糸、動物でありながら光合成ができるミドリムシなど、類い稀な性質を持つ生き物を対象としています。

2017.11.13

2017年12月6日〜9日に開催される2017年度生命科学系学会合同年次大会にて、荒川がフォーラム発表、河野・高須賀・吉田・岩井・土澤・西野がポスター発表いたします。

 

2017.11.13

2017年11月12日に開催された龍谷大学ワークショップ「NGSデータの多彩な活用」にて、荒川が発表いたしました。

 

2017.11.13

2017年11月4日〜5日に開催された日本蜘蛛学会第49回大会にて、荒川・河野・高須賀が発表いたしました。

 

2017.11.13

荒川がタカラバイオ次世代シーケンスで開く新たな世界 NGSプレミアムセミナーにて講演いたしました。

 

2017.10.16

河野の論文”eRP arrangement: a strategy for assembled genomic contig rearrangement based on replication profiling in bacteria”BMC Genomicsに掲載されました。

 

2017.09.15

Science Portalに荒川・吉田が取材を受けた記事が掲載されました。

 

2017.09.04

AXIS Magazine vol.189に荒川が取材を受けた記事が掲載されました。

 

2017.08.28

荒川と理研・沼田研究室との共同研究論文“Analysis of repetitive amino acid motifs reveals the essential features of spider dragline silk proteins”が公開されました。

 

2017.08.10

人工知能学大辞典(共立出版・人工知能学会編)にて、荒川が「パーソナルゲノム解析」及び「遺伝子検査サービス」の項目を執筆しました。

2017.08.04

10月13日に開催される Innovative City Forumにて荒川が発表いたします。

 

2017.08.04

10月4日に開催されるトーゴーの日シンポジウムにて荒川が発表いたします。

 

2017.08.04

9月27-29日に開催される第六回生命医薬情報学連合大会にて河野が発表いたします。

 

2017.08.04

9月21-23日に開催される日本動物学会第88回富山大会にて河野が発表いたします。

 

2017.08.04

9月18日に開催される第24回自然科学研究機構シンポジウムにて荒川が講演いたします。

 

2017.08.04

9月12日に開催される第69回日本生物工学会大会にて荒川が発表いたします。

 

2017.08.04

8月28日に開催される 第1回慶應ライフサイエンスシンポジウムにて荒川・河野・吉田が発表いたします。

 

2017.08.04

8月22日に開催される オックスフォード・ナノポア現場の会にて荒川が発表いたします。

 

2017.08.04

8月19日に開催される生命科学系フロンティアセミナーにて河野が発表いたします。

 

2017.07.31

吉田の論文”Comparative genomics of the tardigrades Hypsibius dujardini and Ramazzottius varieornatus”が下記のメディアに紹介されました。

日本経済新聞, BBC, CNN, Daily Mail, UPILe Huffington PostLe Monde, PIX11, The Nation, New Scientist, The Scientist, Science News , WIRED, GIZMODO, SmithsonianRush Hour DailyCOSMOSThe Indian EXPRESSPopular MechanicsActualité Houssenia WritingeuronewslabrootsInverse ScienceEarth ArchiveSciblogsBreitbarSeekerScience alertMental FlossPLOS Research New,  PHYS ORG, Science DailySlash GearThe Real News, RTSLIVE SCIENCEIran DailylGizmodo Australia, 荘内日報, NHK, The WIRE, Science Post山形新聞, excite ニュース, マイナビニュース, 大学ジャーナルONLINE

 

2017.07.28

吉田の論文“Comparative genomics of the tardigrades Hypsibius dujardini and Ramazzottius varieornatus”がPLoS Biologyに掲載されました。本研究はスコットランド・エジンバラ大Blaxter教授らとの共同研究の成果です。現在Featured ArticleとしてバナーイメージがPLoS Biologyウェブサイトに採用されています。

 

2017/07/26

近藤が2017年8月24日・25日に開催される高遠・分子細胞生物学シンポジウムにてポスター発表いたします。

 

2017/07/12

荒川と谷内江望さんの対談「いまどきの若手研究者の基礎研究との向き合い方」が7月20日に発行される実験医学2017年8月号Vol.35 No.13に掲載されます。

 

2017/07/07

高須賀が日本昆虫学会2017年度若手奨励賞を受賞しました。2017年9月2日〜4日に開催される日本昆虫学会第77回大会にて受賞講演をいたします。

 

2017/07/05

荒川・堀川が運営委員を務める第2回クマムシ学研究会が2017年8月5日に東京大学本郷キャンパスにて開催されます。

 

2017/07/05

2017年8月1日〜2日に開催される遺伝研 研究会「生物種間における遺伝情報の水平移動」にて荒川が発表いたします。

 

2017.07.05

2017年7月21日〜25日に開催されるISMB/ECCB 2017 にて荒川と吉田が口頭発表、河野と岩井がポスター発表いたします。

 

2017.06.14

Front Line Genomics に荒川が取り上げられました。

 

2017.05.29

島根大・石川研究室との共同研究で、ユーグレナ(ミドリムシ)のパラミロン合成遺伝子を同定した論文が公開されました。

 

2017.05.22

2017年5月22日〜24日に開催されるNGS現場の会第五回研究会にて、荒川が口頭発表、河野・高須賀・近藤・吉田・岩井・土澤がポスター発表いたします。

 

2017.05.08

JIJI.COMに堀川が取り上げられました。

 

2017.04.06

朝日新聞DIGITALに堀川が取り上げられました。

 

2017.04.06

岩井がSFC STUDENT AWARD2016を受賞しました。

 

2017.04.03

堀川が受けました取材の様子が、3月31日(金)ニュースやまがた6時(現やままる)にて放映されました。

 

2017.03.16

2017年3月14日〜18日に開催される第64回日本生態学会大会にて高須賀が口頭発表致します。

 

2017.03.16

荒川が寄稿しました”最強生物クマムシの御家騒動とオープンサイエンス”が バイオサイエンスとインダストリー誌2017年vol.75に掲載されました。

 

2017.03.02

2種クマムシの比較ゲノム論文のプリプリントをbioRxivに公開しました。

“Comparative genomics of the tardigrades Hypsibius dujardini and Ramazzottius varieornatus”

 

2017.03.02

堀川がクマムシゲノム編集プロジェクトでクラウドファンディングを募集しています。

 

2017.03.01

2017年5月4日〜5日に開催されるLONDON CALLING 2017 にて荒川が講演致します。

 

2017.03.01

2017年3月24日〜25日に開催される第63回人口知能学会分子生物情報研究会(SIG-MBI)にて河野・吉田が発表致します。

 

2017.03.01

2017年3月6日〜7日に開催される第5回宇宙における生命ワークショップにて荒川が発表致します。

 

2017.03.01

荒川・河野が組織委員を務める第11回日本ゲノム微生物学会年会が2017年3月2日〜4日まで開催されます。また、飯井がポスター発表致します。

 

2017.02.27

当研究室にNHKの撮影が入り、その番組が下記日程で放送されます。是非ご覧ください。

NHKあさイチ 3/2(木)8:15〜9:54

2017.02.15

堀川の著書クマムシ博士の クマムシへんてこ最強伝説”が2017年2月24日に発売されます。

 

2017.02.15

高井の共著論文”Systematic characterization of artificial small RNA-mediated inhibition of Escherichia coli growth.”が出版されました。

 

2016.12.12

荒川が出席しました座談会 “地域に生きる、地域を生かす” の様子が三田評論No.1206(2016年12月号)に掲載されました。

 

2016.12.12

岩井の論文“Rearing and observation of immature stages of the hoverfly Microdon katsurai (Diptera, Syrphidae)”がBiodiversity Data Journalに掲載されました。

 

2016.11.07

2016年11月30日-12/2に開催される第39回日本分子生物学会年会にて、藤原・河野・吉田がポスター発表いたします。

 

2016.11.07

2016年11月13日-17日に開催されるThe 10th 3R Symposium にて、河野と吉田がポスター発表いたします。

 

2016.11.07

2016年11月7日-8日に開催される13th MicRO Alliance Meetingにて、荒川が講演いたします。

 

2016.10.11

荒川が日本バイオインフォマティクス学会のOxford Journals JSBi Prize2016を受賞しました。

 

2016.09.26

下記のメディアに次いでScientific AmericanAstrobiology WebSmithonianScience毎日新聞時事通信でも紹介されました。

 

2016.09.21

堀川と荒川の論文”Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein”が以下のメディアに紹介されました。

AFPBB中日新聞産経新聞日刊工業新聞静岡新聞, 西日本新聞, 琉球新報, 福井新聞, 河北新報, 千葉日報, 北海道新聞, 宮崎日日新聞, 徳島新聞, 山陰中央新報, 四国新聞, 上毛新聞, 福島民報, 佐賀新聞, ITmedia, マイナビニュース, GIZMODO, Science Daily, Yahoo! NewsNatureAsia共同通信Nature NewsWashington PostBBC NewsInternational Business TimesDaily MailWall Street JournalNew ScientistPopular Science,

 

2016.09.21

堀川と荒川の論文“Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein”がNature Communicationに掲載されました。詳しくはプレスリリースをご覧ください。

 

2016.09.05

荒川と論文”Genome sequencing of a single tardigrade Hypsibius dujardini individual”がnatureasia.comに取り上げられました。

 

2016.08.24

月間ジュニアエラ(juniorAERA)9月号、サイエンスジュニアエラのページを荒川と堀川が監修しました。

 

2016.08.16

荒川の論文“Genome sequencing of a single tardigrade Hypsibius dujardini individual”がScientific Dataに掲載されました。2016年8月16日号のFeatured Articleとしてバナーイメージが採用されています。

 

2016.08.04

2016年8月20日・21日に開催される日本蜘蛛学会第48回大会の公開シンポジウムにて荒川が口頭発表いたします。また藤原が一般公演(口頭発表)、河野がポスター発表いたします。

 

2016.07.26

2016年7月29日に開催されます東京農業大学生物資源ゲノム解析センター2016年度セミナー”NGSの利用法最前線”にて荒川が講演いたします。

 

2016.07.21

荒川が監修しましたニホントゲクマムシのぬいぐるみが完成しました!!発売は8月を予定しております。

 

2016.07.12

日経バイオテクONLINE《vol.2481》にて当研究室が参画しているImPACTプロジェクト及び荒川の取り組みが取り上げられました。

 

2016.07.06

7月17日(23:30〜)放映予定のNHKサイエンスゼロに堀川が出演しています。是非ご覧ください。

 

2016.07.05

荒川と堀川がクマムシのページを監修しました学研の図鑑LIVE10巻『水の生き物』が2016年7月1日に発売されました。

 

2016.06.02

荒川がローカルオーガナイザーを務める国際会議BioHackathon 2016が2016年6月12日〜18日鶴岡にて開催されます。

 

2016.05.13

荒川の論文“No evidence for extensive horizontal gene transfer from the draft genome of a tardigrade”がPNASに掲載されました。本論文で用いたデータに関するより詳細な情報をbioRxivにて解説しています。

 

2016.05.09

2016年6月1日に開催されるイルミナゲノムサミット2016「ゲノム情報活用で変わる未来」にて、荒川が講演いたします。

 

2016.05.09

2016年5月11日に開催される海洋地球インフォマティクス 2016 -情報・データの科学技術が社会の新しい扉を拓く-にて、荒川が講演いたします。

 

2016.04.25

サーモフィッシャーNEXT no.35に荒川が取り上げられています。

 

2016.04.06

第一回クマムシ学研究会を2016年4月10日 慶應義塾大学日吉キャンパスにて開催します。当研究室からは荒川と堀川、そして吉田が口頭発表いたします。

 

2016.04.05

ウェブサイトをリニューアルしました。